飲用水中的總大腸菌群主要是指大腸桿菌、大腸菌群和糞大腸菌群三大類型細菌共同組成的大腸菌群。總大腸菌群是指在 37℃條件下培養時，能夠使乳糖進行發酵，并且在全天24小時之內都產酸、產氣的革蘭氏陰性無芽孢桿菌，主要包括埃希氏菌屬、檸檬酸細菌屬腸桿菌屬及克雷伯氏菌屬四種細菌。由于其數量大，在體外存活時間與腸道致病菌相近，且檢驗方法比較簡便，故被作為檢驗腸道致病菌的指示菌。

水中總大腸菌群數的多少，表明水體被糞便污染的程度，并間接地表明有腸道致病菌存在的可能性。因此，總大腸菌群是評價飲用水水質的重要指標，具有廣泛的衛生學意義。目前，檢測總大腸菌群的方法主要有兩種，分別是多管發酵法和濾膜法。

多管發酵法是最早被用作水質檢測的技術，至今應用已超過80年，在水樣總大腸菌群的檢測中一直在應用。其核心是將水樣進行10倍系列稀釋，分別接種到乳糖蛋白胨培養液中，在35℃培養48小時，觀察細菌生長情況。將產酸產氣的發酵管分別轉種在伊紅美籃瓊脂平板上進行分離培養，并通過革蘭染色、鏡檢和進行證實試驗。結果通過檢索最可能數檢索表、報告每100ml水樣中總大腸菌群可能數值。

這種方法影響因素比較多，例如，非大腸菌群細菌的干擾，同時不能實行準確的定量，花費時間比較多，越需要96h以上，由于最后是通過檢索MPN檢索表得出的是一種推論的結果，這就決定了該法有時還會低估水樣中總大腸菌群的數目甚至造成漏檢。但這種方法不需昂貴設備，經過基本微生物學培訓的技術人員可操作，特別適用于不能夠使用總大腸菌群濾膜法的時候。